紧接着第一部的发展，小飞人一天天的长大，也有十几岁了，科学家也老了，因为第一部的事件影响，他带领小飞人逃离了这个城市，其他长翅膀的小孩，也各自去了另一些城市；科学家因为工作，到了某个大城市，也将小飞人送进一家贵族学校念书，但由于儿子有翅膀，特意做了一件衣服以便遮挡，放学也有专人接待。
就这样，第二部的大部分故事就发生在学校内
因为小飞人翅膀太大，有衣服遮挡一直也会让人产生好奇，学校的一批贵族子弟（有男有女），就常没事找事的消遣娱乐：某一天，贵族子弟帮4人（两男两女）在森林里打野味，用的都是真枪，其中一个女人，无意间失踪了，几个子弟找到大半夜都未能联系上，又天黑，所以他们商议后决定回去，就在回去的路上，其中一人突然发现一个洞口有点亮光......
互推互拽的他们，慢慢走近了空口，时不时呼唤那女人，但依然未有回应；索性，三人闭眼冲进了洞内，进去一看究竟，洞内有人活动的迹象，三人便四周看看；
因为就一个山洞，没有什么藏谜之处，很快，就找到失踪的那女的，问清楚以后才知道，是几个动物界怪兽（也就是第一部中战败而逃的那些受伤的动物人），已经从另一个洞口出去了；
回家途中，几个人聊着聊着提到学校内的那个小飞人，听说他后背是有一双翅膀，此人就是在第一部战争中的那个飞行人......当然，森林中小动物太多太多，此话简介传到动物人首领二中，索性，他就依计利用那些个贵族子弟人帮他对付飞行人；翌日，几个动物人便在子弟群玩耍的网球场，找到他们，刚开始几个人还觉得后怕，但在动物人领导的嘴中，说得利益在目，貌似挺好玩，挺刺激，几个贵族子弟便悻然答应合作，并且出资买几个机器人，再由动物人领导改进机器大脑；
就这样，几个贵族子弟经常在校内通过各种手段找飞行人的小麻烦，毕竟他们也怕飞行人会反击，这期间，动物人也逐渐修养好身体，并且制作了一帮小型机器怪兽，飞行人他爸也就是科学家和特警们也不是吃素的，通过接送飞行人也察觉到这帮人，便悄悄的追踪他们，但没追踪到，因为贵族子弟都是些不愁吃喝不愁生活的人，只要好玩，便未给特警提供消息，但其实他们也不知道动物人的具体下落；
战争都是有一个点引爆的，此故事也不例外，一个假期，小飞人别墅山区的家练习飞行与攻击技能，因为飞行人飞翔在天空，动物人的雷达设备探测不倒肉体，故，小飞人在天空，看到森林的一处有异样，便通知科学家，随及，科学家和特警组织队伍向森林那个角落进击；
战争，节奏要稍快一些，才够激情，正所谓有速度才有激情嘛！当然，在特警还未到达之前，动物人就已得到情报，开启的反攻准备，所以，特警与动物人之间一场持久战就吃打开，期间，这里一个小追击，那里一场大屠杀；动物人也派机器找飞行人的麻烦，试图破坏飞行人的诞生，因为，各个地方都有飞行人基因了，将来势必会壮大；
时间飞逝，动物人经不起长时间的持久战，毅然这座城市，科学家与特警也无从搜索，这边，小飞人也长大成20多岁的大男人了，能力也更强大；
在老爹已然白发白胡子，飞行人此刻，决定出来领导老爹的科学室，就在飞行人决定去另一个城市之时，特警情报人员带来一个坏消息：说是在某某城市，机器人正试图杀掉一个美女飞行人（是的，她就是在第一部中的那些更小的翅膀孩子中的一个），飞行人立马动身前往，在情报人的指引下找到了美女飞行人某某，的确漂亮，羽毛更是美丽......
飞行人通过与机器人的交战中发现，幕后之人，又是那动物人领袖，而且，现在还多了个机器人领袖，队伍更强大了；但在情报人员的搜索之下，发现动物领袖就藏身与大海边上的废弃的游艇工厂内，这期间，飞行人也带着美女飞人，教其成长、与其亲蜜等等
这部电影就在这工厂的战争中结束了：两飞行人，以及特警全权出动武装进击动物人根据地，这又是一场精彩的特效画面，由于本人不是编辑，文笔也不好，这场战斗就无法以文字表达囖，实在抱歉！只期待将来导演拍摄出来展现给观众们这视觉盛宴......
电影结尾：动物人领袖，打入海中而亡，剩下机器人领袖，带着一些残缺的机器人和受伤的动物人撤离海岛，此电影系列故事当然还没完，因为，世界还在，好与坏都将存在，所以 - 第三部再见！