传统历史认为，摩尼教传入华夏是在武则天的延载元年，也就是公元694年，不过根据最新的考古记录来看，十六国时代，这一宗教就已经在民间流传。
至于在武则天时代进入官方视野的原因也很简单，因为一代女皇武则天认为自己是弥勒佛的化身，于是摩尼教就冒充成佛教的分支成功的进入了中原。
为了达到这一目的，他们选择了波斯人拂多诞伪装成高僧向武则天献上了《二宗经》。
所谓的二宗实际上就是摩尼教里的光明和黑暗之神，不过为了让信仰佛教，尤其是弥勒宗的武则天接受，这本经书使用了佛教语言，甚至摩尼也变成了弥勒的化身摩尼光佛。
显然，这一事件本身绝不像表面上的那么简单，《二宗经》能够被汉化并伪装成佛经只有一种可能，那就是这个宗教实际上在民间流传了很多年，所以才会有这一举动。
更重要的是，拂多诞能够见到皇帝也必然有着朝廷和佛教界的位高权重者引荐才可能做到，这很有可能动员了整个摩尼教教会的力量才做到了这一点。
不过这种瞒天过海办法并不能维持太久，武则天死后，唐朝复辟并以道教为主信仰，对摩尼教既然开始了压制。
开元二十年七月，唐玄宗在看完摩尼教教义之后下达旨意，认为这一宗教妄称佛教，蛊惑百姓，禁止在中原传播，但允许在西域人中继续传播。
但回鹘汗国这个时候接受了摩尼教，因为丝绸之路的贸易是这个国家财富之本，而往来于这条道路上的粟特商人主要信奉的就是摩尼教。
而在安史之乱后，作为唐朝最大的盟友回鹘受到了唐朝的优待，甚至解除了开元年间对于摩尼教的禁令。
于是短短半个世纪之后，这一宗教迅速从长安发展到了整个中原地带，成为了仅次于佛教和道教的第三大宗教。
然而唐朝统治者从内心里是厌恶这一宗教的，之所以允许它存在和扩张只不过是为了结盟而已，因此在回鹘灭亡之后，这一宗教立刻受到严厉的打击。
在回鹘本土，摩尼教信仰依然在高昌王国中盛行，并以此为基地传播向西域各国，直到14世纪西边另一宗教的入侵才彻底结束了本地摩尼教的传承。
不过这种结束只是明面上的结束，作为秘密教派，这一宗教一直在少数人之间传承到19世纪，而华夏之前发现的摩尼教编辑绘画，宗教场所遗迹也基本上出土在这一地区。
而在中原地区，公元842年，唐朝关闭了荆州，扬州，洪州，越州等地的摩尼教寺院，公元843年，又没收了长安，洛阳，太原等地的摩尼寺产业，焚毁经书画像，并在京城处决了72名僧侣。
当然，这一行动并不只是针对于摩尼教，主要是因为当时在位的唐武宗开始了灭佛运动，顺带打击了其他所有的外来宗教，比如说景教，拜火教等。
不过自从这次打击之后，摩尼教就再也没有在华夏地区公开传播过，同时因为那些外国的摩尼教徒随着回鹘摩尼教团远去西域，留在中原的摩尼教丧失了与他们的联系。
当武宗的灭佛运动打击到摩尼教的时候，一部分教徒逃亡到了当时藩镇割据的东南沿海地区，并转入了地下并借机彻底本土化，以明教的身份重新出现。