战役结束之后，朱祁钰进行了防御性的部署。当时，大部分将领都主张继续进攻，甚至连杨天奉都认为应该乘胜追击，利用奥斯曼帝国阵脚大乱，后方防御部署完全没有到位的机会，派遣骑兵向伊斯兰堡发动进攻，一举消灭奥斯曼帝国。不过，朱祁钰却根本就没有理会这些将领的意见，直接下令，让部队在新的战线上转入了防御状态。当然，朱祁钰这么安排，有很多理由。
让朱祁钰放弃继续进攻的主要原因有三个，一是战役目的已经达到，而要实现战略目的，进攻不是最好的选择。二是军队需要休整，几支主力部队都连续作战数日，已经达到了官兵体力极限，必须停下来休整，而且补充弹药物资需要时间。三是，完成新占领区的控制，调遣其他国家的军队也需要时间。正是这三个原因，让朱祁钰决定暂时转攻为守，当然，还有另外一个原因，朱祁钰没有说出来，不过他会用行动告诉手下的将领。
这次战役的三个目的，分别是：大量歼灭奥斯曼军队的有生力量；扭转战场局面，迫使奥斯曼军队转为战略防御；将战线推进一百到两百里，将东部与南部战区衔接起来。从战役的结果来看，这三个目的都达到了。显然，战役已经获得了胜利，也取得了成功。而战役是为战略服务的，而在针对奥斯曼帝国的战争中，战略目的自然是要彻底消灭奥斯曼帝国，而要做到这一点，歼敌有生力量是关键中的关键，只要消灭了奥斯曼帝国的主力军队，那么就消灭了奥斯曼帝国，如果没有消灭奥斯曼帝国的主力军队，就算攻占了奥斯曼帝国的首都，那也算不上是完全的胜利，奥斯曼帝国的势力仍然可以在其他的地方死灰复燃。为了达到这个战略目的，那么通过有效地战役部署。并且利用每一次战役来消灭敌人的有生力量，这就是最为重要的了。
从当时的情况来看，如果明军继续进攻的话，以众多骑兵军的快速突击能力，以及骑兵部队在得到了炮兵支持后的强大阵地战实力，要攻打伊斯兰堡，甚至是打下伊斯兰堡，确实不成问题，也许就只需要几个月的时间。朱祁钰就可以到伊斯兰堡去庆祝胜利了。但是这个胜利是不完全的。奥斯曼帝国在欧罗巴那边还有着广袤的土地，而明军在攻占了伊斯兰堡之后，还需要花费不少的时间来控制住奥斯曼帝国在亚洲地区的领土。因此不可能在短期内进军欧罗巴，这就给了奥斯曼帝国喘息的时间，导致的结果就是战争时间延长。显然，与其让奥斯曼帝国被迫退到欧罗巴去休养，还不如引诱奥斯曼帝国将更多的兵力投入到亚洲战场上来，耗干奥斯曼帝国的所有力量，以此来获得彻底的胜利。
对于明军自己来说，在经过了这场大规模战役之后。六个参战军的官兵已经非常疲惫了，特别是近卫军，第一军，第二军以及第九军，几乎都连续作战好几日，官兵几乎没有得到休息的时间。而这四支部队都是主力，其中三支是骑兵部队，如果让他们继续进攻的话，显然，这只能拖垮他们。除了官兵的体力之外，作战物资的补充也需要时间。当时第一军就已经出现了物资短缺的情况。而且第二军与第九军在攻占了摩苏尔之后，也没有立即得到所需要的全部物资。而等待下一批物资运抵白羊王国，这更需要时间。
战线推进的一个结果是压缩了奥斯曼帝国军队的活动空间，而另外一个结果就是。新出现的战区需要花时间来稳定。当时，负责前线地区。也就是战线后方地区的控制任务的是白羊王国的军队，以及联合军团，而主力就是白羊王国的军队。而这次明军一次性地将战线推进了一百五十里到两百五十里，白羊王国的军队需要充足的时间来稳定新占领区的局势，控制住这一地区地居民。当然，在明军承担了主要的进攻任务之后，白羊王国地军队基本上已经从一线战场上抽调了下来，不再需要他们去守卫防线了。
这三个原因是朱祁钰用来说服手下将领的，当然，就算他不给出理由来，只下一道命令，那些将军们也自然不敢多言了。当然，转入防御状态只是暂时的，而且朱祁钰也保证，将在军队恢复了精力，作战物资得到了补充，以及新占领区的局势稳定下来之后，立即发动下一轮进攻行动。不过，在此之前，防御任务还是要安排下去的。
当时，负责战线防御的主要是第三军与第一军。其中，第三军负责守卫东部防线，第一军则负责守卫以安条克为核心的南部防线。除此之外，朱祁钰还将第八军调到了前线来，将第八军部署在了摩苏尔，负责第一军与第三军防线的结合部的防御工作。摩苏尔的安全直接决定着明军整条防线的安全，让第八军来负责这里的防御工作，自然是最为稳妥的了。当然，第八军在后方的工作也全都移交给了联合军团。
除此之外，第五军撤回去继续休整，这次是迫不得已才让第五军参战的，本来第五军的休整工作就没有完成，而杨天奉又一直闹着要进攻，结果，朱祁钰就很干脆的把朱祁钰派到了白羊王国南部去接受全面休整。第二十二军回到了大不里士，与第九军一起担负起了为第三军提供支援的任务。第二军进驻大马士革，为第一军与第八军的预备队。
只有之前没来得及参战的第二十一军分到了一份美差，那就是以摩苏尔为根据地，对奥斯曼帝国的腹地进行袭扰，拖住奥斯曼军队重新部署防线的速度，为下一次进攻打下基础。
对于皇帝的这番安排，大部分的军长都感到满意，可能意见最大的就是杨天奉了。在杨天奉看来，第五军已经得到了几个月的休整时间，这已经足够了，没有必要再进行休整。结果，皇帝却把第五军给调到了大后方去，直接就把第五军给安排在了离战场最远的地方。显然，杨天奉心里是很不满的。他可做梦都在想到第一个进入伊斯兰堡呢。不过，杨天奉不满归不满，还是得乖乖的带着第五军南下了，这是他没有办法抗拒的事情。
当然朱祁钰也对战区的指挥权限做了安排。卫平负责东部战区，谢正卿负责南部战区，胡沱负责两个战区之间的协调，而陈豫则负责总协调工作。另外，张国煮，马寿成，李天长三人也都有各自的位置，只有杨天奉一个人被皇帝凉快到了一边去，大概是朱祁钰要他好好反思一下吧。或者说，是让杨天奉不要光想到作战的时候，去专心安排第五军休整的事情。
做完了这番安排与部署工作之后，朱祁钰宣布了另外一件事情：他将前往顾成林的大西洋舰队，并且在下次战役开始之前返回远征军。这下，所有人都蒙了，皇帝可是远征军的总司令，皇帝一走，那远征军怎么办？当然，朱祁钰并没有任何担心的，他已经为各支部队做好了安排，而且奥斯曼帝国在几个月时间之内根本就不可能对明军构成威胁。另外，他将近卫军留在了贝鲁特港，命令梁岳暂时代替他管理各部队之间的事务。
本来，朱祁钰去大西洋舰队也没什么，毕竟各军的军长对自己的任务都很明白，而且在这些军长中，已经有了一种得到默认的等级关系。其中卫平的资历最老，陈豫次之，然后是张国煮，杨天奉，胡沱，谢正卿，马寿成，李天长，虽然，这八个军长之间的军衔高低并不如此。
不过当时仍然是以资历为主的。也就是说，如果有突发事件的话，那么就是按照这个顺序来决定指挥权限的。当然，这只是一套默认了的等级关系，不过这却是比较有效的。不过，问题也就出在了这里。虽然，在几个军长中，梁岳的资历与陈豫是同等的，不过，对于大部分的将军来说，其实梁岳就是个近卫军军长而已，与其他的将领有很大的区别。
如果朱祁钰不安排梁岳来暂时替代他的位置的话，这个问题就不存在，不过，朱祁钰却让梁岳来暂时执行总司令的职务，这下问题就有点严重了。不过，并没有人反对皇帝的安排，毕竟皇帝这么安排是有理由的，不管这个理由在其他人看来是否成立，这怎么都是皇帝的安排吧，而且对朱祁钰率领的这批将军来说，皇帝有政策，下面地将军就有对策。