面对大臣的劝阻，朱由检把“殉葬”搬出来说事，立刻堵上了群臣的嘴巴。
原来明太祖朱元璋开了一个非常恶劣的先例，就是皇帝死后，后宫要有人殉葬，他本人即有三十多名嫔妃殉葬。殉葬制度本来自汉代就已废止，这不能不说是朱元璋开的一个大大的历史倒车。
朱元璋之后，除了建文帝生死不明，也没有入葬以外，成祖朱棣、仁宗朱高炽、宣宗朱瞻基都实行殉葬，不知有多少无辜的嫔妃和宫女成为这种残酷制度的牺牲品。直到英宗朱祁镇时，才下遗诏永远废止“人殉”。
朱由检此时以“殉葬”举例，自然是给矫情的大臣们出了一个难题。因为如果要守祖制，就应该实行殉葬；但废除殉葬实是深得人心之举，英宗之后再无人反对过，那岂不是从英宗开始，所有皇帝和大臣全都违反了祖制？如果废除殉葬不算违反祖制的话，那么废除同样残酷的宦官制度，为什么就算违反祖制呢？
礼部尚书来宗道见从“祖制”上压不住崇祯，便想从现实困难上入手。他干笑着奏道：“陛下宅心仁厚，禁止新进宦官，实乃旷世善举。然宫中有二十四监，各司其职，如果骤然停用所有内官，则不免产生混乱。以臣之见，不如暂行留用现有宦官，再徐徐而改之。”
朱由检却笑道：“这个不劳尚书大人忧心，朕已有安排了。”说着他就把早已写好的“二十四监”的改革方案发给群臣传阅。
原来这“二十四监”即是专门为皇室服务的机构，全由太监担任首领，统管宫中所有宦官与宫女。依其职能不同，又分为十二监、四司、八局，以司礼监为首，涵盖了宫中的大事小情。
而朱由检的改革方案也堪称大刀阔斧，第一条就是裁撤司礼监，收缴皇帝二十三宝，将至关重要的批红权重新收归皇帝手中。相应增设“秘书处”，协助皇帝批阅奏章，但没有任何实际权力。
第二条是裁撤御马监。因为御马监掌管天下兵马调度，实与五军都督府职能重复，无非是在官员的头上又多加一个婆婆，故而干脆直接撤销。
第三条是将尚宝监与印绶监合并，成立新机构“档案处”。因为尚宝监负责管理宝玺、敕符、将军印信，印绶监掌管古今通集库以及铁券、诰敕、贴黄、印信、图书、勘合、符验、信符等，有些职能较为接近，有些则本来该归六部有司管辖，因此予以合并。
第四条是撤销内官监，新设“供应处”和“财务处”。内官监也是个权力较大、油水极多之处，因为它负责宫廷的一切采办事宜，还掌管内帑银，也就是皇帝的私房钱。内官监既管钱又花钱，相当于既是财务又是出纳，不出问题才怪，因此朱由检将它一分为二，供应处只负责采办，财务处只负责管理内库。
第五条是将尚膳监和八局中的酒醋面局合并，改为“炊事处”，功能基本不变，还是负责紫禁城中的饮食供应。但砍掉了尚膳监直接采购的权力，把采购权统一归到供应处，炊事处只负责做饭。
第六条则是将神宫监、直殿监、宝钞司、混堂司、浣衣局合并，成立新机构“卫生处”。因为这几个部门或负责洒扫庭除，或管理草纸、澡堂、洗衣服，职能非常相近。
第七条是将其余各监、司、局全部合并，成立“内务处”，管理其他杂项事物。