朱翊钧让李时珍进京，其实是相中了他所创造的人为分类方法，这是一种按照实用与形态等相似的生物和矿物，将其归之于各类，并按层次逐级分类的科学方法。
在朱翊钧看来，李时珍能和祖冲之并列，在世界科学史上享有崇高地位，根本不足为奇。本草纲目虽然谬误不少，但其科学分类方法比西方现代植物分类学创始人林奈的自然系统早了一个半世纪，被誉为“东方医药巨典”。对世界医药学、植物学、动物学、矿物学、化学的发展产生的深远的影响，可谓无远弗届。
后世的生物学学生，将界、门、纲、类、科、属、种七种分类背的滚管烂熟，觉得天下万物井井有条，想当然的就认为此种分类方法很简单。
殊不知在人类文明史上，分类学正是科学的萌芽之始。中国人之所以将科学命名为“科学”，即取意“反映自然、社会、思维等的客观规律的分科之学”。一句话，无分科无以成学！
华夏先民最早的生物分类记载于西周，比西方科学家林内的生物分类方法少了两种，却领先两千年。
之后的中国分类学思想体现在诸多文献之中，而最为璀璨的，即为本草纲目。无论其中记载了多少谬误，仅在生物、矿物分类学上的思想，足以光耀千古。
朱翊钧在后世党校的学习内容，不仅是简单的飞梭和珍妮机诱发工业革命之类的初中历史。
他记得很清楚，一次在党校上课时，一个年轻的女教师旁征博引，讲述了欧洲贵族和部分附庸风雅的资产阶级，在地质、矿物、生物乃至昆虫等方面的爱好研究，大大促进了新的地理发现，并为现代科学奠基。
后世工业革命和启蒙思想催发的第一批成果，即为欧洲有闲阶级流行的科学考察和探险。
他们一方面资助数学家和科学家，一方面自己也从事地质、矿物、生物等方面的粗浅研究，这直接诱导了化学和物理学的大踏步前进。而最开始的那批有钱人，都是从看似简单的地质、矿物和生物分类开始做起。
后世达尔文曾受益于本草纲目，将之称为“中国古代百科全书”。——而后世的某些中国人，那些拿着大英帝国百科全书、美国国家地理杂志放在书房内的附庸风雅之徒，何曾有一个在旁边放着墨经、本草纲目、考工记、水经注、梦溪笔谈、天工开物等等数之不尽的中华瑰宝？
朱翊钧让李时珍返京，除了要利用这个时代为数不多具有科学素养的大脑之外，还要利用他喜欢考证、钻研的性格? 从事对牛痘的研究。
明代嘉靖初年之后? 天花在帝国广泛流行。朱翊钧在万历二年初曾经接奏报，宁国府有医名傅思川者? 掌握“人痘熟苗”之法? 以为小儿种痘获利，“百余小儿种痘? 仅一、二不存。”
朱翊钧不知道的是，从傅思川手中流传出去的人痘术? 简直是以光速传播到阿拉伯世界? 又把西方从天花肆虐中给挽救了出来。
人痘曾经被大哲学家伏尔泰这般评价：“我听说一百年来，中国人一直就有种痘的习惯；这是被认为全世界最聪明、最讲礼貌的一个民族的伟大先例和榜样。”在西方思想启蒙发生之时，若没有傅思川的人痘术，不知多少人才将死于天花病毒。